به گزارش پایگاه مداحی ،مختار ثقفی پس از جنگ های سختی کوفه را تحت کنترل خود در آورد و عاملین واقعه کربلا را مجازات کرد. سپس لشگری به سوی عبید الله بن زیاد فرستاد که پس از شکست او، سر از بدنش جدا کردند.
مختار سر عبیدالله بن زیاد را نزد امام سجاد علیه السلام در مدینه فرستاد، حضرت خوشحال شدند و فرمودند:
خدا جزای خیر به مختار دهد که خونخواهی ما نمود.
مصعب بن زبیر در سال ۶۷ هجری با غلبه بر کوفه سر از بدن مختار جدا کرد.
نحوه شهادت مختار ثقفی
سال ۶۶ هجری مختار ثقفی قیام کرد، عبیدالله بن زیاد را به هلاکت رساند بر تخت دارالاماره نشست و سر بریده ابن زیاد را بر او وارد کردند.
سال ۶۷ هجری مصعب بن زبیر بر مختار پیروز شد و در حالی که مصعب بر تخت تکیه زده بود، سر مختار را برای او آوردند.
سال ۷۲ هجری عبدالملک بن مروان به عراق حمله کرد و پس از پیروزی، در قصر دارالاماره بر تخت نشست و سر بریده مصعب را برای او آوردند. شخصی در حضور او گفت: ای امیر! من سرگذشت عجیبی از این قصر به خاطر دارم و وقایع آن را تعریف کرد.
عبدالملک با شنیدن این قضیه بر خود لرزید و دستور داد قصر دارالاماره را خراب کنند.
قصر دارالاماره در ذیحجه سال ۶۰ هجری، شهادت دو فرستاده امام حسین علیه السلام را نیز شاهد بوده است.
نحوه پیدا شدن مقبره مختار
پس از شهادت مختار توسط مصعب بن زبیر، پیکر او در دیوار قصر الاماره نزدیک مسجد دفن شد. این قبر مخفی ماند تا اینکه آیة الله العظمی سید مهدی بحر العلوم در زمان خود به جستجو و آشنایی با آثار و محراب های مسجد پرداخت .
سید در آن زمان ترجیح داد مسجد کوفه با خاک پاک مدفون شود چون زمین مسجد پائین تر از دیگر سرزمین های منطقه بود و در نتیجه آب های سطحی در آن جریان پیدا می کرد. پیرو دستور آیت الله بحر العلوم زمین مسجد کوفه که عمق آن مساوی مقام پیامبر وخانه حضرت نوح بود با خاک پاک پرشد تا از آلودگی ها در امان نگه داشته شود در جای همان محراب ها بر روی خاک محراب های جدید ساخته شد همانگونه که اکنون هم نمایان است.
در زمان بررسی ها و جستجوی آثار مسجد که از طرف سید و جمعی از علما صورت گرفت، سید قبر پنهان شده ای نمایان شد و جایگاه آن قبر انتهای راه رو در زیر زمین و به طرف خارج مسجد به سمت قصر الأماره بود و بر آن قبر سنگی یافتند که بر آن اسم و لقب مختار نوشته شده بود .
پس از یافتن قبر، «محسن الحاج عبود شلاش» ساختن حرم جدید و بزرگی برای مختار را بر عهده گرفت وآن را به رواق حرم حضرت مسلم از سمت جنوب ملحق کرد و برای قبر پنجره ای آهنین قرار داد و درب راه رو که در حجره ای در کنج مسجد کوفه قرار داشت را مسدود کرد .